Wenn du Proxies nutzt sowie vorgesehen, dann brauchst du dir darüber überhaupt keine Gedanken zu machen.
Eine Stabilisierung oder auch eine Subclip Generierung basiert sich immer auf die Original Datei. Was du dann in der Vorschau siehst, abhängig von ihre Einstellung, ist dann diese Stabilisierung angewandt an der Original Datei, einen Subclip davon oder angewandt an die Proxy Datei oder einen Subclip davon. Zum finalen Rendering werden immer die Original Dateien genutzt. Die Proxies dienen nur zur Vorschau.
Also nicht Original Datei = Take 1 und Proxy = Take 2 sondern Original Datei= Take 1, Subclip Original Datei mit Stabilisierung = Take 2, die Vorschau zeigt dir bei Einstellung Gut und Best die Original Datei = Take 1 oder das Subclip Original Datei mit Stabilisierung= Take 2. bei die anderen Einstellungen Proxy = Take 1 und Subclip Proxy mit Stabilisierung= Take 2.